نام مبارک امام پنجم محمد بود. لقب آن حضرت باقر يا باقرالعلوم است، بدين جهت که: دريای دانش را شکافت و اسرار علوم را آشکارا ساخت. القاب ديگری مانند شاکر و صابر و هادی نيز برای آن حضرت ذکر کرده اند که هريک باز گوينده صفتی از صفات آن امام بزرگوار بوده است .
تولد حضرت باقر ( ع ) در روز جمعه سوم ماه صفر سال 57هجری در مدينه اتفاق افتاد . در واقعه جانگداز کربلا همراه پدر و در کنار جدش حضرت سيد الشهداء کودکی بود که به چهارمين بهار زندگيش نزديک می شد .
در دوره امامت امام محمد باقر(ع) و فرزندش امام جعفر صادق(ع) مسائلی مانند انقراض امويان و بر سر کار آمدن عباسيان و پيدا شدن مشاجرات سياسی و ظهور سرداران و مدعيانی مانند ابوسلمه خلال و ابومسلم خراسانی و ديگران مطرح است ، ترجمه کتابهای فلسفی و مجادلات کلامی در اين دوره پيش می آيد ، و عده ای از مشايخ صوفيه و زاهدان و قلندران وابسته به دستگاه خلافت پيدا می شوند . قاضيها و متکلمانی به دلخواه مقامات رسمی و صاحب قدرتان پديد می آيند و فقه و قضاء و عقايد و کلام و اخلاق را - بر طبق مصالح مراکز قدرت خلافت شرح و تفسير می نمايد ، و تعليمات قرآنی - به ويژه مسأله امامت و ولايت را ، که پس از واقعه عاشورا و حماسه کربلا ، افکار بسياری از حق طلبان را به حقانيت آل علی(ع) متوجه کرده بود ، و پرده از چهره زشت ستمکاران اموی و دين به دنيا فروشان برگرفته بود ، به انحراف می کشاندند و احاديث نبوی را در بوته فراموشی قرار می دادند . برخی نيز احاديثی به نفع دستگاه حاکم جعل کرده و يا مشغول جعل بودند و يا آنها را به سود ستمکاران غاصب خلافت دگرگون می نمودند.
حضرت امام محمد باقر(ع) 19سال و ده ماه پس از شهادت پدر بزرگوارش حضرت امام زين العابدين(ع) زندگی کرد و در تمام اين مدت به انجام دادن وظايف خطير امامت ، نشر و تبليغ فرهنگ اسلامی، تعليم شاگردان ، رهبری اصحاب و مردم ، اجرا کردن سنتهای جد بزرگوارش در ميان خلق، متوجه کردن دستگاه غاصب حکومت به خط صحيح رهبری و راه نمودن به مردم در جهت شناخت رهبر واقعی و امام معصوم ، که تنها خليفه راستين خدا و رسول ( ص ) در زمين است، پرداخت و لحظه ای از اين وظيفه غفلت نفرمود.
سرانجام در هفتم ذيحجه سال 114 هجری در سن 57 سالگی در مدينه با توطئه هشام مسموم شد و چشم از جهان فروبست . پيکر مقدسش را در قبرستان بقيع - کنار پدر بزرگوارش - به خاک سپردند.